Le cursus est organisé en « crédits», conformément au système européen (ECTS, système européen de transfert de crédits).
La formation de l'ISBS-Paris dure 6 semestres. En raison de la diversité du recrutement, le premier semestre de la formation d'ingénieur ISBS est une période d'homogénéisation des connaissances des étudiants en fonction de la formation antérieure à l'admission.
Les 4 premiers semestres concernent un enseignement général en "Sciences Pour l'Ingénieur (SPI)", "Sciences du Vivant (SV) " et "Communication Management Langue (CML) " dont les proportions sont d'environ 40%, 40% et 20%.
Trois options sont proposées lors du cinquième semestre, en accord avec la demande industrielle en Île-de-France, et les priorités nationales et européennes de Recherche & Développement : Bio-informatique - médicament, Bio-imagerie - informatique, Bio-mécanique - Bio-matériaux.
Le dernier semestre est entièrement dédié à un stage de fin d'étude en laboratoire industriel, laboratoire public ou service hospitalier.
